En octubre de 1998 llegó la segunda generación (H53A/H58A). La normativa kei permitió ensancharla y alargarla, y se produjo hasta junio de 2012, con actualizaciones en 2003 y 2008.

La primera generación de la Pajero Mini (H51A/H56A, 1994–1998) fue un kei car de tres puertas, con estilo de miniatura de la Pajero y sobre la plataforma del Minica. Se lanzó en diciembre de 1994 con opciones de tracción delantera o en las cuatro ruedas.